Darkus, 13 ans, se sent plus seul que jamais. Son père, Bartholomew Cuttle, célèbre scientifique du Museum d'Histoire Naturelle, s'est mystérieusement volatilisé, et le jeune garçon doit emménager chez son oncle Max qu'il connaît à peine.
Le jour où les brutes épaisses du collège veulent s'en prendre à lui, il reçoit une aide pour le moins inattendue : un très, très gros scarabée vient lui porter secours. Et comme si ce n'était pas assez étrange, le scarabée semble parfaitement le comprendre !
Darkus et Baxter - c'est ainsi qu'il prénomme le scarabée - deviennent rapidement amis. Avec oncle Max, ils partent à la recherche de Bartholomew.
Mais plus ils enquêtent, plus le mystère s'épaissit. Comment Bartholomew a-t-il pu disparaître de son bureau fermé à double tour ? Quel est cet étrange projet Fabre sur lequel il travaillait ? Qui est Lucretia Cutter, cette femme qui semble terroriser oncle Max ?
Une chose est sûre : pour retrouver son père, Darkus devra suivre la piste des scarabées...